Các trung tâm y tế, phòng thuốc và bệnh viện được thành lập trên khắp đảo quốc, song chúng tập trung các khu vực đô thị và đặc biệt là tại Antananarivo. Tiếp cận chăm sóc y tế vẫn ở ngoài tầm tay của nhiều cư dân. Chi phí chăm sóc y tế ở mức cao so với thu nhập trung bình của người dân, nhân viên y tế được đào tạo có mức độ phổ biến rất thấp. Năm 2010, Madagascar có trung bình 3 giường bệnh trên 10.000 người và có tổng số 3.150 bác sĩ, 5.661 y tá, 385 nhân viên y tế cộng đồng, 175 dược sĩ và 57 nha sĩ trong khi tổng dân số là 22 triệu người. 14,6% chi tiêu chính phủ trong năm 2008 được hướng vào lĩnh vực y tế. Xấp xỉ 70% chi tiêu dành cho y tế do chính phủ đóng góp, trong khi 30% còn lại bắt nguồn từ các nhà tài trợ quốc tế và các nguồn tư nhân khác.[108] Chính phủ cung cấp ít nhất một trung tâm y tế cơ bản cho một xã. Các trung tâm y tế tư nhân tập trung tại các khu vực đô thị và đặc biệt là các đô thị tại các cao địa trung tâm.[89]

Mặc dù có những rào cản tiếp cận, song các dịch vụ y tế thể hiện một xu hướng cải thiện trong hai thập niên qua. Tiêm chủng trẻ em nhằm phòng chống các bệnh như viêm gan siêu vi B, bạch hầu và sởi tăng trung bình 60% trong giai đoạn này, cho thấy các dịch vụ và điều trị y tế cơ bản dù có tính sẵn sàng ở mức thấp song đang tăng lên. Tỷ suất sinh tại Madagascar năm 2009 là 4,6 trẻ/1 phụ nữ, giảm từ 6,3 vào năm 1990. Tỷ lệ sản phụ thiếu niên là 14,8% vào năm 2011, cao hơn nhiều so với trung bình của châu Phi, là một yếu tố góp phần vào tăng trưởng dân số nhanh chóng.[108] Năm 2010, tỷ lệ tử vong sản phụ là 440 trên 100.000 ca sinh, so với 373,1 vào năm 2008 và 484,4 vào năm 1990, cho thấy một sự suy giảm chăm sóc chu sản sau chính biến năm 2009. Tỷ suất tử vong trẻ sơ sinh vào năm 2011 là 41 trên 1.000 ca sinh,[18] và tỷ lệ tử vong của trẻ dưới năm tuổi là 61‰.[109] Bệnh sán máng, sốt rét và các bệnh lây qua đường tình dục vẫn phổ biến tại Madagascar, song tỷ lệ lây nhiễm AIDS vẫn tương đối thấp so với nhiều quốc gia tại đại lục châu Phi, với chỉ 0,2% dân số trưởng thành. Tỷ suất tử vong do sốt rét ở mức thấp nhất tại châu Phi với 8,5 trường hợp trên 100.000 dân, một phần là do người dân đảo quốc có tỷ lệ dùng màn tẩm hóa chất chống côn trùng cao nhất tại châu Phi.[108] Tuổi thọ dự tính của người trưởng thành vào năm 2009 là 63 năm đối với nam và 67 năm đối với nữ.[108]